מחלקת הנוער של מכבי חיפה נחשבת זה שנים רבות לנושאת הדגל של מחלקות הנוער בישראל, בעיקר עקב ההשקעה הכלכלית בה, מתקניה ואיכות השחקנים היוצאים מקרבה. רבים מהם מוצאים דרכם לסגל הקבוצה הבוגרת, אחרים מאיישים עמדות מפתח בקבוצות אחרות בליגות הבכירות. מאז הקמתה ב- 1950 עברה המחלקה תהפוכות גדולות, בעיקר בקווי החשיבה של המועדון ששם לו למטרה עליונה להכין תשתית ראויה לבוגרים. אם בעבר שחקנים מאזור המרכז לא התלהבו, בלשון המעטה, להגיע ולשחק במכבי חיפה, מאז רכישת הקבוצה בידי הנשיא יעקב שחר (1992) חלה תמורה מרחיקת לכת גם בנושא זה.
השינוי הניב פירות ואם פעם מכבי חיפה התבססה על תושבי חיפה והסביבה בלבד, כיום הפכה לאבן שואבת לשחקנים מכל רחבי הארץ המבקשים להתקדם ולקדם את הקריירה שלהם בארץ ובחו"ל. עד הקמת הליגה הלאומית לנוער (1983) חולקו הקבוצות לפי איזורים גיאוגרפיים: צפון, מרכז ודרום. בסיום כל עונה נפגשו שלוש האלופות למשחקים ביניהן ומהם הוכרזה האלופה. לגבי הקבוצות הצעירות יותר, מנערים א' ומטה (טרום) התחרו הקבוצות במחוזות מקומיים (מפרץ), זכו באוקיאנוס תארים, ניצחו בתוצאות אסטרונומיות וקברניטח המועדון, בראשות המנכ"ל איתמר צ'יזיק והצוות המקצועי ביקשו שינוי דרמטי שיעלה את רמת הקבוצות ואיכות שחקניה.
מתחילת עונת 2008/2009 הוחלט על העברת כל קבוצות המחלקה למחוז השרון, האיכותי יותר. מחלקת הנוער של מכבי חיפה מונה עשר קבוצות בגילאים 8-19. בראש הפירמידה, אחרי נשיא המועדון יעקב שחר, המנכ"ל איתמר צ'יזיק העוקב מקרוב אחרי השחקנים, מנהל מחלקת הנוער, שחקן העבר יניב כהן והמנהל המקצועי, שמואל חנין. מרבית המאמנים במחלקת הנוער הם שחקני עבר ותופעה ראויה לציון, כל מנהלי הקבוצות עובדים בהתנדבות (למעט קבוצת הנוער). לרשות השחקנים צוות מהשורה הראשונה הפועל למענם. רופא המועדון ד"ר אברהם ברבר, מנהל המתקנים ציון ביטון, מאמן השוערים, עידן יונה, המעסה עידן סגל, מאמני הכושר יניב ברנשטוק, יוני גפן והמנהל הלוגיסטי, שי בר. היהלום שבכתר היא קבוצת הנוער מכבי "שמואל" חיפה אותה מאמן אברהם אבוקרט יחד עם עוזרו, יורם בסר גם קבוצת נערים א' מכבי "יואל" חיפה אותה אורי גוטמן, נמצאת רוב השנים בצמרת הקבוצות האיכותיות בישראל. עד העונה ובמשך חמש שנים הצליחה מכבי חיפה להכניס לליגה הבכירה הזאת שתי קבוצות, תופעה נדירה, כאשר הקבוצה השנייה שרדה בהצלחה למרות שגיל שחקניה היה נמוך בשנה משאר הקבוצות.
קבוצת מכבי "יהויכים" חיפה (נערים ב') מאומנת בידי גילי לבנדה שבשנה שעברה זכה ב-4 תארים עם הקבוצה. יוסי ג'נח, מאמן את קבוצת מכבי "מקס" חיפה (נערים ג') .במכבי "מיכאל" חיפה (ילדים א') מאמן משה שושן. קבוצת מכבי "אפריים" חיפה (ילדים ב') מאומנת על ידי יורם בסר, המשמש כאמור גם כעוזרו של יורם בסר.
את קבוצת מכבי "עודד" חיפה (ילדים ג') מאמן שחקן העבר והחלוץ, רפי כהן, אשר כיכב במדי מכבי חיפה במשך 4 עונות. הסמל של מועדון מחלקת הנוער, ואיש ממאמניה המוערכים לא יחלוק על כך, הוא אשר עלמני המאמן את מכבי "ישעיהו" חיפה(טרום א'). עלמני בן ה- 76 נחשב לסמכות עליונה באימון קבוצות במחלקת הנוער ולמעט עונה אחת בה עבר להתאוורר מחוץ לכתלי המועדון, הוא מאמן בה למעלה מארבעים שנים (!). עלמני, מכוכבי קבוצת הפאר של שנות החמישים הוא מבוגרי קבוצת הנוער הראשונה מכבי "שלמה" חיפה שהוקמה, כאמור, בתחילת שנות החמישים. לאחר מכן שירת שנים רבות בקבוצה הבוגרת ואף שיחק בשורות הנבחרת הלאומית.
במכבי חיפה פועלות קבוצות טרום, בסיס לשחקני העתיד. בקבוצת מכבי "חיים" חיפה (טרום ב') מאמן בני הרשקוביץ'. ואילו במכבי "ישעיהו" חיפה מאמן אשר עלמני.
שלוחה חיפנית בעמק
במכבי חיפה לא מסתפקים בפעילות שגרתית וכל הזמן מחפשים דרכים לשפר ולשדרג. עדות לכך היא רכישת מחלקת הנוער של הפועל נצרת עילית/ עמק יזרעאל בקיץ 2008. הסיבות לכניסתה של מכבי חיפה לפרוייקט הזה: חיסכון של הרבה מאד שעות נסיעה לשחקנים צעירים העושים דרכם באוטובוסים וברכבי ההורים מהעמק למתקן האימונים של מכבי חיפה בדרום העיר. סיב שנייה, כמות השחקנים המוכשרים הנמצאים באזור עמק יזרעאל גדול ויש לציין ששטח המועצה האזורית עמק יזרעאל הוא הגדול בישראל, במדד גודל המועצות.
הפעילות בפרוייקט הזה מתנהלת בקבוצות גילאים מטרום א' ועד לנערים ב', כאשר בעונה הבאה תצטרף גם קבוצת נערים א' לחסות החיפנית ותשולב בליגה הארצית לנערים בגיל הזה. המנהל המקצועי הוא אורי גרופר העובד בכפיפה למנהל המקצועי של מחלקת הנוער, שמואל חנין. את שמונה הקבוצות מאמנים סמי מיכאלוב (נערים א') אביב כנפו (נערים ב') ענבל נמני-כנפו(נערים ג') נזי עודה (ילדים א') גולן פרל (ילדים ב'),טל קוולר ילדים ג'), ליד לבנסבולד (טרום א').
כ- 140 שחקנים רשומים בקבוצות הפעילות בליגות השונות ובנוסף, מופעל על ידי מכבי חיפה בית ספר לכדורגל, פעמיים בשבוע, בימים א' וג' בשעות 17.30-19.00. שמעו של הפרוייקט הגיע עד לארצות הברית ובשלהי אוקטובר 2008 הגיעו לראותו מקרוב הזוג היהודי- אמריקאי, פרד ואלן גולד- שנפלד מניו- אילנד שבניו- יורק. הזוג חבר בארגון "זרעי השלום" התומך בפרוייקטים דו- לאומיים כמו בישראל בין יהודים וערבים. הם הרימו תרומה נכבדה לשיפוץ המתקן בנהלל שהפך למתקן מפואר עבור השחקנים הצעירים, בסטנדרטים שראשי מכבי חיפה מציבים.
